基因数据库

一周新知

基因数据库是指含基因和基因组资料的DNA数据库，其存储有基因和基因组的序列、结构、变异和功能等多维度数据。这些信息是基因表达、调控及进化研究的基础。基因组序列、注释、结构、变异及功能等信息，为大规模人群队列研究、植物群体遗传及病毒进化等研究提供必要的数据资源。了解基因的结构、序列和功能，有利于药物或疫苗研发、癌症精准治疗、作物改良育种明确靶标等。

世界上生命科学领域重要的一级基因数据库，有美国国家生物技术信息中心的基因库（GenBank）、欧洲分子生物学实验室（EMBL）和日本DNA数据库（DDBJ）。这三个数据库建立信息共享机制，每天进行基因信息交换，确保所包含内容一样，只是格式存在差异。随着测序技术的发展，成千上万个物种完成了基因组测序，基因组数据海量增加，因而分类更为精细的基因数据库不断涌现。例如，植物基因数据库有植物比较基因组学数据库（Phytozome）、拟南芥信息资源（TAIR）、小麦基因组变异联合数据库（WheatUnion）、玉米遗传学和基因组学数据库（MaizeGDB）；人和动物基因数据库有人和小鼠基因组及注释数据库（GENCODE）、加州大学圣克鲁斯分校基因组生物信息学数据库（UCSC）；真菌基因数据库（MycoCosm）、细菌基因组数据库（IMG/M）；病毒基因数据库有病毒病原体数据库和分析资源（ViPR）和全球共享禽流感数据库（GISAID）。如今生命科学研究已进入大数据时代，生物信息资源成为基因组学革命及精准医学发展的源头。它是关系到国民经济和社会可持续发展的重要战略资源，因此生物数据安全至关重要。2019年，我国成立了国家生物信息中心，围绕基因组结构、变异、功能及其演化规律开展研究，建立了组学原始数据归档库、DNA甲基化数据库、RNA测序表达谱、植物RNA编辑数据库、长非编码RNA数据库、跨物种全基因组核小体定位图数据库以及犬类数据库等专业数据库。其中，组学原始数据归档库收录了人、小鼠、玉米、水稻、大豆、真菌等物种的基因组数据。2019年末新冠肺炎疫情暴发后，国家生物信息中心完成了新冠病毒基因组信息整合与变异注释分析，于2020年1月发布了新冠病毒信息库（2019nCoVR），为国内外科学研究、疫情防控等工作起到了重要的支撑作用。

责编 | 郭文君  张克栋 

编辑 | 赵   凯 

校对 | 张雪凝

文字 | 《一周新知》根据网络资料整理

图片 | 来源于网络

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